Cụ thể, Thông tư số 89/2026/TT-BTC được Bộ Tài chính ban hành ngày 30/6/2026 nhằm hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15. Điểm mới nổi bật là quy định toàn bộ quy trình kiểm tra thuế có thể được thực hiện bằng phương thức điện tử thông qua cổng giao tiếp điện tử của cơ quan thuế.

Theo đó, người nộp thuế có thể gửi hồ sơ, tài liệu, giải trình và trao đổi thông tin với cơ quan thuế hoàn toàn trên môi trường điện tử, thay vì phải làm việc trực tiếp. Điều này giúp tiết kiệm thời gian, chi phí đi lại, giảm áp lực chuẩn bị hồ sơ giấy, đồng thời hạn chế ảnh hưởng đến hoạt động sản xuất, kinh doanh.

Thông qua hệ thống điện tử, người nộp thuế cũng có thể theo dõi quá trình xử lý hồ sơ, chủ động nắm bắt tiến độ kiểm tra, qua đó tăng tính công khai, minh bạch và nâng cao hiệu quả phối hợp với cơ quan thuế. Việc giảm tiếp xúc trực tiếp còn góp phần hạn chế nguy cơ phát sinh phiền hà, tiêu cực trong quá trình thực thi công vụ.

Đặc biệt, việc giảm tiếp xúc trực tiếp giữa công chức thuế và người nộp thuế góp phần hạn chế nguy cơ phát sinh phiền hà, sách nhiễu, tiêu cực; đồng thời nâng cao tính công khai, khách quan trong hoạt động kiểm tra.

Để việc kiểm tra bằng phương thức điện tử được thực hiện thuận lợi, người nộp thuế cần chủ động duy trì hiệu lực của chứng thư số, chữ ký số của tổ chức và người đại diện theo pháp luật; đồng thời tổ chức lưu trữ chứng từ, hóa đơn, sổ sách kế toán và các tài liệu liên quan dưới dạng điện tử một cách có hệ thống, bảo đảm khả năng tra cứu, trích xuất và cung cấp khi cơ quan thuế yêu cầu.

Theo quy định, toàn bộ các bước của cuộc kiểm tra, từ trao đổi thông tin, thu thập tài liệu, lập biên bản đến ban hành kết luận và quyết định xử lý đều được thực hiện bằng phương thức điện tử, với các văn bản, hồ sơ được ký số và lưu trữ trong hồ sơ điện tử của cuộc kiểm tra.

Tuy nhiên, trong trường hợp dữ liệu điện tử chưa đủ căn cứ để kết luận hoặc cần xác minh thực tế, cơ quan thuế vẫn sẽ thực hiện kiểm tra trực tiếp tại trụ sở người nộp thuế theo quy định.

Để việc kiểm tra điện tử diễn ra thuận lợi, người nộp thuế cần duy trì hiệu lực chứng thư số, chữ ký số, đồng thời lưu trữ hóa đơn, chứng từ, sổ sách kế toán và các tài liệu liên quan dưới dạng điện tử, bảo đảm khả năng tra cứu, trích xuất khi cơ quan thuế yêu cầu.

Việc bổ sung quy định về kiểm tra thuế bằng phương thức điện tử được đánh giá là bước tiến trong lộ trình chuyển đổi số của ngành Thuế, góp phần hiện đại hóa công tác quản lý, nâng cao hiệu quả giám sát, đồng thời tạo môi trường thực hiện nghĩa vụ thuế minh bạch, thuận tiện hơn cho doanh nghiệp và người dân.

Việc kiểm tra được thực hiện thông qua cổng giao tiếp điện tử, trên cơ sở hệ thống thông tin quản lý thuế và dữ liệu điện tử do người nộp thuế cung cấp.

Toàn bộ quá trình trao đổi, giải trình, thu thập thông tin, tài liệu; lập biên bản; ban hành thông báo, kết luận và quyết định xử lý đều được thực hiện bằng phương thức điện tử. Hồ sơ, tài liệu sử dụng trong quá trình kiểm tra được ký số theo quy định của pháp luật.

Các văn bản, dữ liệu điện tử được lưu trữ trong hồ sơ điện tử của cuộc kiểm tra. Sau khi kết thúc kiểm tra, cổng giao tiếp điện tử được đóng theo quy định, bảo đảm toàn bộ quá trình xử lý được ghi nhận đầy đủ, minh bạch, có thể tra cứu, đối chiếu và kiểm chứng khi cần thiết.

Đối với những trường hợp dữ liệu điện tử chưa đủ căn cứ để kết luận hoặc cần xác minh thực tế, cơ quan thuế sẽ thực hiện kiểm tra trực tiếp tại trụ sở người nộp thuế theo quy định. Điều này khẳng định việc kiểm tra trực tiếp chỉ được thực hiện khi thực sự cần thiết, bảo đảm vừa chặt chẽ trong quản lý vừa tạo thuận lợi tối đa cho người nộp thuế.

Việc số hóa toàn bộ quy trình kiểm tra giúp nâng cao hiệu quả quản lý, tăng cường khả năng giám sát hoạt động của các đoàn kiểm tra, bảo đảm tính minh bạch, trách nhiệm và kỷ luật trong thực thi công vụ.

Dữ liệu điện tử được chuẩn hóa, lưu trữ tập trung cũng tạo điều kiện để ngành Thuế đẩy mạnh quản lý rủi ro dựa trên phân tích dữ liệu, ứng dụng trí tuệ nhân tạo và các công nghệ số trong lựa chọn đối tượng kiểm tra, cảnh báo sớm các dấu hiệu vi phạm, qua đó tập trung nguồn lực vào các trường hợp có rủi ro cao, vi phạm pháp luật.

Việc đưa kiểm tra thuế bằng phương thức điện tử thể hiện quyết tâm của ngành Thuế là lấy người nộp thuế làm trung tâm phục vụ.