Quy định sắc thuế khai theo từng lần phát sinh và các trường hợp đặc thù

Theo hướng dẫn từ Thông tư, người nộp thuế có trách nhiệm thực hiện khai thuế theo từng lần phát sinh đối với toàn bộ các sắc thuế liên quan đến hàng hóa xuất nhập khẩu, bao gồm thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế giá trị gia tăng, thuế bảo vệ môi trường, cùng các loại thuế phòng vệ thương mại như thuế tự vệ, thuế chống bán phá giá và thuế chống trợ cấp.

Các quy định về thời hạn nộp hồ sơ, khai bổ sung hay tỷ giá tính thuế sẽ tiếp tục bám sát pháp luật về hải quan.

Tuy nhiên, nhằm tạo cơ chế linh hoạt, Bộ Tài chính cũng quy định rõ một số trường hợp không phải khai thuế theo từng lần phát sinh đối với các loại hàng hóa đặc thù như điện năng xuất nhập khẩu, hàng hóa bán tại khu vực cách ly ở sân bay quốc tế (trừ hàng miễn thuế), hàng hóa cung cấp trên các chuyến bay quốc tế, nhiên liệu cung ứng cho tàu bay xuất cảnh và các giao dịch giữa doanh nghiệp ưu tiên với đối tác theo pháp luật hải quan.

Về phương thức thực hiện, hồ sơ khai thuế được xác định là hồ sơ hải quan và được nộp tại cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai dưới hai hình thức là hồ sơ điện tử hoặc hồ sơ giấy.

Đối với hồ sơ điện tử, doanh nghiệp phải khai đầy đủ, chính xác thông tin qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan, đồng thời được phép nộp bản chụp có ký số đối với một số chứng từ chưa thể khai báo trực tuyến.

Đối với hồ sơ giấy, các chứng từ bắt buộc bản chính phải được nộp trực tiếp hoặc gửi qua bưu chính, còn lại có thể sử dụng bản chụp theo quy định.

Kiểm soát toàn diện và giảm tối đa thủ tục hành chính trên nền tảng số

Thông tư số 86/2026/TT-BTC nằm thiết lập một cơ chế quản lý thuế dựa trên nền tảng số hóa toàn diện, đồng thời phân định rõ trách nhiệm của người nộp thuế và cơ quan quản lý.

Theo đó, người nộp thuế phải chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực của toàn bộ thông tin cung cấp, đồng thời bảo đảm sự thống nhất giữa hồ sơ lưu tại doanh nghiệp với hồ sơ gửi cơ quan hải quan.

Về phía cơ quan hải quan, việc tiếp nhận và xử lý hồ sơ sẽ được thực hiện tự động qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.

Khi xác định nghĩa vụ thuế, cơ quan hải quan được quyền khai thác, đối chiếu dữ liệu trực tiếp từ các hệ thống lớn như Cổng thông tin một cửa quốc gia, Cổng dịch vụ công quốc gia, Cổng thông tin một cửa ASEAN cùng các cơ sở dữ liệu chuyên ngành đã được kết nối, chia sẻ.

Thông tư đã tối giản hóa thủ tục hành chính một cách triệt để khi quy định đối với các hồ sơ liên quan đến miễn, giảm, hoàn, không thu thuế, gia hạn nộp thuế hay miễn tiền chậm nộp, nếu dữ liệu đã được cập nhật trực tuyến trên các Cổng thông tin một cửa hoặc hệ thống liên thông thì người nộp thuế không phải nộp lại chứng từ mà chỉ cần cung cấp thông tin để cơ quan hải quan tự tra cứu.

Bên cạnh đó, việc khai và nộp thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu giao dịch qua các nền tảng thương mại điện tử và nền tảng số cũng được đưa vào khung quản lý chung, thực hiện đồng bộ theo Luật Hải quan cùng các văn bản hướng dẫn hiện hành.

Thông tư số 86/2026/TT-BTC được kỳ vọng sẽ tiếp tục hiện đại hóa ngành hải quan, thúc đẩy chuyển đổi số sâu rộng và tạo thuận lợi tối đa cho các hoạt động thương mại quốc tế.